Der Grund für die hohe Biodiversität (Artenvielfalt) im Entlebuch ist, dass die Region vielen Tieren und Pflanzen unterschiedlichste Lebensräume bietet: So sind teilweise auf kleinstem Raum sehr trockene und basische Karstlebensräume mit sehr nassen und sauren Moorlebensräumen verzahnt. Dazu bietet das Entlebuch zahlreiche spezielle Formen von Wäldern in der Napfregion. In den höheren Alplagen finden sich Magerwiesen und –weiden, die besonders artenreich sind, da sie extensiv bewirtschaftet werden.
In der UNESCO Biosphäre Entlebuch können für die Alpen und Voralpen typische Tier- und Pflanzenarten beobachtet werden.
Neben den typischen Arten der Alpen und Voralpen beherbergt das Entlebuch auch spezielle und teilweise äusserst seltene Tiere und Pflanzen.
Neben dem bekannten Entlebucher Sennenhund und vielen Kühen beherbergt die UNESCO Biosphäre Entlebuch andere spezielle Kulturarten wie etwa Urdinkel.